O Museu de São Roque da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa reúne uma importante colecção de arte sacra, procedente da antiga Ermida Manuelina de São Roque, da Igreja e antiga Casa Professa dos jesuítas em Lisboa e da Santa Casa da Misericórdia de Lisboa.

Das colecções que integram o seu acervo artístico sobressai o magnifico tesouro de peças de ourivesaria e paramentos da Capela de São João Baptista, resultante de uma das mais mediáticas encomendas régias do período joanino.

Evidencia-se ainda, pela sua dimensão, diversidade e extraordinária qualidade artística a extraordinária colecção de relicários, em boa parte proveniente da célebre doação do Embaixador de Filipe I de Portugal, D. João de Borja à Casa professa de São Roque, assim como a colecção de Arte Oriental, exemplar testemunho da presença dos portugueses no Oriente e da forma como a Companhia de Jesus se distinguiu no mundo no plano evangélico e cultural.