No Museu da Farmácia, foram recriados espaços e ambientes, que permitem ao visitante aperceber-se, de uma forma mais imediata, a evolução da história e tecnologia da farmácia portuguesa desde o final do século XV até aos nossos dias. Reconstituições de autênticas farmácias portuguesas desde a antiga botica dos séculos XVIII e XIX até à Farmácia Liberal da Avenida da Liberdade em Lisboa do início do século XX. É de salientar ainda a reconstituição de uma autêntica farmácia tradicional chinesa, oriunda de Macau do final do século XIX e de uma área dedicada à Farmácia Militar.

A temática da Farmácia e da Saúde são abordadas com peças de extrema qualidade, oriundas de civilizações e culturas tão distantes no tempo e no espaço, como a Mesopotâmia, o Egipto, a Grécia, Roma, os Incas, os Astecas, o Islão, o Tibete, a China, o Japão e, finalmente, a Farmácia Europeia desde a Idade Média até 1929, com o isolamento da penicilina pelo cientista inglês Fleming. A exposição termina, com a exibição das farmácias portáteis usadas no Space Shuttle “Endeavour” na última viagem do milénio (Dezembro de 2000), para além de medicamentos da Estação Orbital Mir e da comida dos astronautas russos.